Q Exactive HF质谱主要应用于蛋白质组研究中的高分辨、高精度鉴定和定量研究，适于对复杂蛋白质及肽段混合物进行高效分离并进行高灵敏度、高准确性和高通量的分析。扫描速度达 18 Hz；分辨率可达240,000FWHM。

蛋白质组学分析，支持多种定量方法，包括选择离子监测（SIM）、平行反应监测（PRM）和数据独立性采集（DIA）。