氢氘交换质谱是利用质谱技术研究蛋白三维结构的一种方法，同传统的方法相比，具有对样品纯度要求低，高通量和高灵敏度等优点。

其原理：将蛋白置于氘代缓存溶液中，蛋白表面的H原子会被氘以较快的速率置换，而内部的氢置换速率较慢。

因此通过比较置换速率可以就可以提供蛋白质三维结构信息。该技术广泛应用于寻找药物的结合位点，蛋白质动态变化研究等领域。